Ignoto rimane l'anno di fondazione anche se si ipotizza che sia stata costruita alla fine del XII secolo. La chiesa fu centro spirituale della comunità bizantina fino a tutto il XVI secolo e dal 1598 ospita l'omonima confraternita. La fabbrica, che si presenta a navata unica, è stata restaurata recentemente. Sull'altare maggiore si trova la pala raffigurante S. Pancrazio e la Vergine che intercedono presso la Trinità per le anime del Purgatorio.

In adiacenza alla chiesa, si erge la fortezza della Torre di Leo, anche nota col nome di torre di San Pancrazio, e rappresenta una preziosa testimonianza dell'antico apparato difensivo della Polizzi Generosa medievale.